Internacional

Lúcio chơi cho đội thanh thiếu niên Planaltina EC và CR Guará trước khi ký hợp đồng với câu lạc bộ chuyên nghiệp đầu tiên của mình là Sport Club Internacional vào năm 1997.

Bayer Leverkusen

Tháng 1 năm 2001, anh chuyển đến chơi ở giải Bundesliga của Đức và ký hợp đồng với câu lạc bộ Bayer Leverkusen. Thất bại ở chung kết DFB Pokal, thua 4-2 Schalke 04, và thất bại 2-0 tại UEFA Champions League trước Real Madrid với cú volley tuyệt vời của Zinédine Zidane. Mặc dù kết thúc đáng thất vọng nhưng màn trình diễn cá nhân ấn tượng của Lúcio đã thu hút sự chú ý của một số các câu lạc bộ hàng đầu của châu Âu.

Bayer München

Năm 2004, anh gia nhập Bayern München vào một hợp đồng sáu năm, nơi anh trở thành một phần quan trọng của đội bóng. Sau khi Oliver Kahn nghỉ hưu năm 2008, người Hà Lan Mark van Bommel đã được trao chiếc băng đội trưởng còn Lúcio là đội phó. Khi Bayern đá với Real Madrid trong vòng 16 tại Champions 2006-07, Lúcio ghi bàn ở phút 66' giúp Bayer vào tứ kết. Mục tiêu của Bayern cho đến vòng tứ kết, nơi họ thua nhà vô địch AC Milan. DFB Pokal 2008-09, anh đã ghi bàn vào lưới đội bóng cũ là Bayer Leverkusen ấn định chiến thằng 4-2 dù ngôi sao Đức là Stefan Kießling đã lập cú đúp.

Inter Milan

Ngày 16 Tháng 7 năm 2009, Lúcio chuyển đến câu lạc bộ Ý là Inter Milan, ký hợp đồng ba năm với đương kim vô địch Serie A. Anh ghi bàn thắng đầu tiên cho Inter vào ngày 23 tháng 9 năm 2009 trong trận đấu với Napoli từ một quả đá phạt góc. Lúcio cũng ghi được một bàn tại UEFA Champions League ở vòng bảng khi Inter gặp Dynamo Kyiv. Ngày 22 Tháng 5, Lúcio giúp Inter đoạt danh hiệu vô địch Champions League khi đánh bại câu lạc bộ cũ của mình Bayern München 2-0 để tạo ra một cú ăn ba lịch sử và kết thúc 45 năm chờ đợi để được trao vương miện Champions châu Âu